De molen bemaalt de ca. 650 ha grote Twiskepolder als onderbemaling van de polder Oostzaan. De landschappelijke betekenis van de in een open poldergebied gelegen molen is groot. De Twiskepolder is als polder en waterstaatkundige eenheid pas in de jaren veertig van de 20e eeuw ontstaan.

Vanouds maakte het gebied grotendeels deel uit van de ca. 2685 ha. grote waterrijke en veenachtige polder Oostzaan, die vanaf het midden van de 17de eeuw tot 1910 door drie achtkante molens bemalen werd op het IJ.

In het kader van de werkverschaffing werden in de jaren dertig plannen gemaakt om dit gebied, dat voor de ene helft uit water en voor de andere helft uit land bestond, in te polderen en in cultuur te brengen als grasland. In 1941 werden de gronden door de Staat gevorderd.

De droogmakingswerkzaamheden waren in 1943 zover gevorderd, dat de dijk kon worden gesloten. Na verlaging van het waterpeil werd een begin gemaakt met de ontginningswerken. Deze werden in 1957 gestopt omdat er toen als gevolg van de veranderde situatie geen werkloze arbeiders meer waren. In de jaren zestig werd het gebied gebruikt voor zandwinning (o.a. bouw Coenplein) en werd tevens de gedachte ontwikkeld om deze polder een recreatieve bestemming te geven.

Als eerste werd begonnen de vroegere hoofdstructuur van het gebied te herstellen. Daarna moest het van 1943 daterende hulpgemaal worden vervangen, waarbij de gedachte naar voren kwam om hiervoor een oudhollandse windwatermolen te (her)bouwen, die dan tevens zou kunnen fungeren als machinistenwoning. Een elektrische hulpaandrijving zou de waterbeheersing bij windstilte moeten veiligstellen. Voor dit doel werd de te Nieuw-Vennep opgeslagen molen van de Hooglandspolder te Barsingerhorn aangekocht.

In 1967 werd de Hooglandspoldermolen gekocht door dhr. Vissers in Nieuw Vennep. Molenmaker J.Poland ontmantelde de molen en alles werd opgeslagen in Nieuw Vennep voor herbouw aldaar. Herbouw in Nieuw Vennep vond niet plaats en deze molen kon in 1973 worden gekocht door Recreatieschap Het Twiske-Waterland en op de grens tussen Landsmeer en Oostzaan herbouwd op een plaats waar voordien nooit een molen had gestaan. Eerder is getracht de 1200-Roe-molen in Amsterdam aan te kopen, maar 10.000 handtekeningen van omwonenden belette dit.

De zeer waarschijnlijk omstreeks 1578 gebouwde Hooglandpoldermolen bemaalde de ca. 530 ha grote Hooglandspolder op de Schagerkoggeboezem. In 1764 werd hij danig hersteld, want in dat jaar werd in ieder geval de gehele kap vernieuwd en waarschijnlijk werd ook het vroegere boventafelement door een blokkeelconstructie vervangen.

Tussen de jaren 1864 en 1894 werd het scheprad vervangen door een vijzel. In 1936 werden beide roeden uitgerust met Bilauwieken.

Meer over het Bilauwieksysteem:
https://nl.wikipedia.org/wiki/Bilauwieken#Bilauwiek

Het draaien met Bilauwieken was echter van korte duur want op 14 februari 1938 brak een roede af terwijl de molen stilstond. Door dit voorval werd besloten een elektrisch vijzelgemaal naast de molen te bouwen dat in 1939 de bemaling overnam. De molen bleef staan zonder wiekenkruis en was tot in de jaren zestig als woning in gebruik. In 1967 werd de molen gedemonteerd en overgebracht naar Nieuw-Vennep. Deze plannen kwamen echter niet tot uitvoering, waarna hij in 1973-1974 op de huidige plaats werd herbouwd.

Op 19 maart 1975 was de officiële opening van de Twiskemolen en sindsdien is de molen zeer regelmatig voor de bemaling van de Twiskepolder in bedrijf.